Tokiyuki Houjou yang berusia delapan tahun, penerus Keshogunan Kamakura berikutnya, adalah seorang anak laki-laki yang tidak memiliki bakat dalam segala hal selain petak umpet. Suatu hari, kehidupannya yang riang tiba-tiba terbalik ketika Takauji Ashikaga dengan brutal merebut kekuasaan dari Kamakura, mengakhiri kekuasaan mereka. Diselamatkan oleh seorang pendeta yang memproklamirkan diri sebagai pendeta kenabian, Tokiyuki berhasil melarikan diri dengan nyawanya. Sekarang dia harus menghindari orang-orang yang mencoba membunuhnya sambil merekrut rekan-rekan yang dapat membantunya mengembalikan Keshogunan Kamakura ke masa kejayaannya.
Berlatar belakang periode Nanboku-chou dalam sejarah Jepang, Nige Jouzu no Wakagimi adalah kisah penebusan dosa, yang mendokumentasikan kehidupan pahlawan yang terlupakan yang mengubah takdir Jepang dengan melarikan diri.